Своєї власної філософської системи Сковорода не створив. Основні філософські погляди базуються на питаннях етики та самопізнання.
Не був лояльним до церковної та світської ієрархії, відкидав будь-який примус, не любив церковних ритуалів, віддаючи перевагу особистій духовній свободі.
Сковорода вважав, що «Бог багатому подібний фонтану, що заповнює різні посуди за їх обсягом. Над фонтаном напис: нерівна усім рівність. Ллються із різних трубок різні токи в різні посудини, що стоять навколо фонтану. Менший посуд менше має, але в тому є рівний більшому, що однаково є повний».
Основою щастя, як вважав Сковорода, є «сродна праця», тобто та, до якої людина має природний нахил, здібності. Він вважав, що природою, або Богом, у людину при народженні закладаються певні якості. Реалізуючи їх і свій потенціал – ми стаємо ближчими до щастя.
І не може людина, яка народжена керувати оркестром, керувати армією.
«Сродна праця» приносить щастя, додає сил, «потрібне робить неважким, а важке – непотрібним».
Також, на думку філософа, є такі світи: макрокосм – весь навколишній світ, мікрокосм – світ людини («Людина – це маленький свiт»), і світ символів – Біблія.
Ці світи перебувають у постійному русі і взаємозв'язку. Не пізнавши один із них, неможливо пізнати два інших. На думку філософа, починати треба з самопізнання.